在Docker中使用conda虚拟环境

Dockerfile, Conda

使用常规方法创建Conda虚拟环境并激活的过程会遇到很多错误，经过查找资料，总结了可行的方法。本文方法的参考文章。

1. 保存虚拟环境yml文件

1. 在本地激活你想放入Docker中的Conda虚拟环境：conda activate <myenv>。
2. 输出Conda环境配置文件：conda env export > environment.yml。
3. 删除配置文件中位于pip之后的内容。 在我的Docker生成过程中，环境配置文件中若包含pip安装包，则会报错。所以需要删除相关的包，在Dockerfile中，可以在conda环境激活后重新使用pip手动安装所需的。 下面是一个典型的environment.yml文件：

    1name: myenv
    2channels:
    3  - pytorch
    4  - nvidia
    5  - ...
    6dependencies:
    7  - _libgcc_mutex=0.1=main
    8  - blas=1.0=mkl
    9  - ...
   10- pip:                    # 删除此行及以下的内容并保存文件
   11    - addict==2.4.0
   12    - aliyun-python-sdk-core==2.14.0
   13    - ...
   14prefix: /home/*/miniconda3/envs/myenv
   

2. 编写Dockerfile

在你的Dockerfile中添加如下内容：

 1# 使用带有conda的镜像
 2FROM continuumio/miniconda3
 3
 4WORKDIR /app
 5
 6# 使用上一节的环境文件创建虚拟环境:
 7COPY environment.yml .
 8RUN conda env create -f environment.yml
 9
10# 激活该虚拟环境:
11SHELL ["conda", "run", "-n", "<myenv>", "/bin/bash", "-c"]
12
13# 若需要安装pip包，如下：
14RUN pip install A B C

通过该Dockerfile则可以构建使用Conda虚拟环境的镜像。